Der größte Teil des Parks wird von Savanne bedeckt mit einem dichten Baumbestand. Im Osten im Überschwemmungsgebiet des Kwando sind Marschen und Reetinseln dominierend.

Der Bwabwata-Nationalpark beherbergt eine große Zahl von Tieren, darunter auch vier der bekannten „Großen Fünf“ Löwe, Leopard, Elefant und Büffel. Entlang der Flussläufe können Krokodile und Flusspferde sowie sehr viele Wasservögel beobachtet werden. Bekannt sind die Marschen des Kwando für die großen Elefantenherden, die das Gebiet durchqueren. Es finden sich zahlreiche Antilopenarten wie Lechwe, Riedbock, und Sitatunga, die nur hier anzutreffen ist.

Daneben trifft man Buschbock, Pferde- und Rappenantilopen, Leierantilopen, Kudu und seltener Oryx, aber auch Büffel, die hier auf ihrer Wanderung aus dem Caprivi halt machen. Schließlich kommen auch noch eine Reihe kleinerer Antilopen- und Kleinsäugerarten vor.

Hier findet man auch einige der letzten Wildhunde Namibias sowie mehr als 400 Vogelarten.

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